Theo sách "Gia Định thành thông chí" của Trịnh Hoài Đức, tháng 2 năm Mậu Dần (1698), chúa Nguyễn ra lệnh cho Thống suất Nguyễn Hữu Cảnh vào kinh lý phía nam và quyết định thành lập chủ Gia Định gồm huyện Phước Long và huyện Tân Bình. Thời điểm 1698, vùng đất phía Nam dân cư thưa thớt, đất đai còn hoang vu, địa danh "Hóc Môn" lúc đó chưa có tên gọi, là một vùng đất nằm trong huyện Tân Bình, thuộc phủ Gia Định.

Từ năm 1698 đến năm 1731, một số lưu dân từ miền Bắc, miền Trung do không cam chịu sự thống trị hà khắc của phong kiến triều Trịnh-Nguyễn phân tranh loạn lạc nên đã đến vùng đất này để sinh cơ, lập nghiệp; lập ra những thôn ấp và nông trại, lúc đầu hình thành 06 thôn dần dần phát triển thành 18 thôn. Đến đầu thế kỷ 19, một số thôn của Hóc Môn vẫn còn những nét hoang dã, có cọp dữ nổi tiếng như "cọp vườn trầu" và có nhiều đầm môn nước mọc um tùm, nên trong dân gian địa danh "Hóc Môn" có tên gọi từ đây (hóc hẻm có nhiều cây môn).

Năm 1802, sau khi lên ngôi, vua Gia Long đã cho cải cách lại các đơn vị hành chánh, đổi phủ Gia Định thành trấn Gia Định. Đến năm 1808, vua Gia Long lại đổi trấn Gia Định thành Gia Định Thành và nâng huyện Tân Bình lên thành Phủ Tân Bình. Phủ Tân Bình có 04 huyện, trong đó có huyện Bình Dương. Lúc đó, vùng đất Hóc Môn ngày nay có tên gọi là huyện Bình Dương thuộc phủ Tân Bình của Gia Định Thành, huyện lỵ Bình Dương đóng tại làng Tân Thới Nhì (nay là vùng Trung tâm Thị trấn Hóc Môn).

Năm 1832, vua Minh Mạng đổi tên Gia Định Thành thành tỉnh Phiên An. Đến năm 1836, lại tiếp tục đổi tên tỉnh Phiên An thành tỉnh Gia Định. Năm 1841, phủ Tân Bình lại tăng thêm 1 huyện là huyện Bình Long (do một phần huyện Bình Dương tách ra). Lúc đó, vùng đất Hóc Môn ngày nay có tên gọi là huyện Bình Long thuộc phủ Tân Bình, tỉnh Gia Định.

Năm 1862, thực dân Pháp đã chia lại địa giới hành chính tỉnh Gia Định bao gồm 03 phủ, 41 tổng; huyện Bình Long thuộc phủ Tây Ninh, tỉnh Gia Định. Huyện lỵ Bình Long đóng tại làng Tân Thới Nhì (nay là vùng trung tâm thị trấn Hóc Môn).

Sau cuộc khởi nghĩa 18 thôn vườn trầu (1885), thực dân Pháp chính thức đổi tên huyện Bình Long thành quận Hóc Môn. Quận Hóc Môn giai đoạn 1885-1945 thuộc tỉnh Gia Định là một vùng đất rộng lớn bao gồm 4 tổng: Tổng Long Tuy Thượng, Tổng Long Tuy Hạ, Tổng Long Tuy Trung và Tổng Bình Thạnh Trung nằm trên địa bàn của 3 quận huyện: Hóc Môn, Củ Chi và quận 12 ngày nay.

Trong giai đoạn kháng chiến chống Pháp (1945-1954), Hóc Môn là một trong 04 quận của tỉnh Gia Định Hóc Môn, Thủ Đức, Gò Vấp, Nhà Bè). Đến thời Việt Nam Cộng Hòa ở miền Nam (1954-1975), quận Hóc Môn tiếp tục thuộc tỉnh Gia Định. Đối với cách mạng tùy theo yêu cầu phát triển của phong trào cách mạng trong từng thời điểm, Hóc Môn có nhiều lần tách nhập, thay đổi ranh giới: từ năm 1954 đến cuối năm 1959, quận Hóc Môn bao gồm 3 quận – huyện là: Hóc Môn, Củ Chi và quận 12 ngày nay; từ năm 1960 đến năm 1961 tách ra thành 2 quận: Hóc Môn và Củ Chi; từ năm 1961 đến năm 1969, Hóc Môn và Gò Vấp sáp nhập lại thành quận Gò Môn; sau đó nhập thêm một số xã của Củ Chi thành lập phân khu Gò Môn, từ năm 1969 đến năm 1972 phân khu Gò Môn tách ra thành 4 quận nhỏ, trong đó Hóc Môn tách thành 2 quận: Đông Môn và Tây Môn; từ năm 1972 đến năm 1975: Đông Môn và Tây Môn nhập lại thành quận Hóc Môn.

Sau ngày thống nhất đất nước (30 tháng 4 năm 1975), Hóc Môn là một trong 5 huyện ngoại thành của Thành phố Hồ Chí Minh, đồng thời nhận thêm hai xã: An Phú Đông và Thạnh Lộc (trước gọi là Thạnh Lộc Thôn) của quận Gò Vấp (cũ); đồng thời đổi tên xã Đông Hưng Tân thành Đông Hưng Thuận, xã Tân Thới Trung thành Tân Xuân; xã Tân Thới Nhứt viết lại thành Tân Thới Nhất. Như thế huyện Hóc Môn có 14 xã: An Phú Đông, Đông Hưng Thuận, Đông Thạnh, Nhị Bình, Tân Hiệp, Tân Thới Hiệp, Tân Thới Nhất, Tân Thới Nhì, Tân Xuân, Thạnh Lộc, Thới Tam Thôn, Trung Mỹ Tây, Xuân Thới Sơn, Xuân Thới Thượng.

Ngày 23 tháng 3 năm 1977, thành lập thị trấn Hóc Môn, thị trấn huyện lỵ huyện Hóc Môn trên cơ sở một phần diện tích và dân số của ba xã: Tân Thới Nhì, Thới Tam Thôn và Tân Hiệp.[4]

Ngày 27 tháng 8 năm 1988, huyện Hóc Môn lập thêm hai xã: Bà Điểm (từ phần đất cắt ra của xã Tân Thới Nhất) và Tân Chánh Hiệp (từ phần đất cắt ra của xã Đông Hưng Thuận và xã Trung Mỹ Tây). Như thế lúc này huyện Hóc Môn có 01 thị trấn Hóc Môn và 16 xã: Nhị Bình, Xuân Thới Thượng, Xuân Thới Sơn, Bà Điểm, Đông Thạnh, Tân Hiệp, Thới Tam Thôn, Tân Xuân, Tân Thới Nhì, Thạnh Lộc, An Phú Đông, Tân Thới Hiệp, Đông Hưng Thuận, Tân Thới Nhất, Tân Chánh Hiệp, Trung Mỹ Tây.

Từ ngày 1 tháng 4 năm 1997 đến nay do yêu cầu phát triển kinh tế – xã hội chung của thành phố, huyện Hóc Môn tách ra 5 xã: Thạnh Lộc, An Phú Đông, Tân Thới Hiệp, Đông Hưng Thuận, Tân Thới Nhất; 711 ha diện tích tự nhiên và 15.461 nhân khẩu của xã Tân Chánh Hiệp (phần còn lại của xã này được sáp nhập vào xã Thới Tam Thôn); 273 ha diện tích tự nhiên và 11.332 nhân khẩu của xã Trung Mỹ Tây (phần còn lại của xã này được sáp nhập vào xã Tân Xuân) để thành lập quận 12.

Ngày 5 tháng 11 năm 2003, thành lập 2 xã Trung Chánh và Xuân Thới Đông từ một phần xã Tân Xuân. Hiện nay, Hóc Môn có 11 xã và 1 thị trấn.

Hiện nay trên địa bàn huyện Hóc Môn đã và đang hình thành một số khu đô thị mới như khu đô thị Sophia Garden, khu đô thị Xuân Thới Sơn... đều nằm ở phía nam huyện, giáp ranh với quận 12.